“十三五”规划纲要的专栏17《环境治理保护重点工程》明确提出，开展1000万亩受污染耕地治理修复和4000万亩受污染耕地风险管控。
然而，2014年4月，环境保护部和国土资源部发布的《全国土壤污染状况调查公报》未提及具体污染面积。相关负责人就全国土壤污染状况调查回答记者提问时指出，本次调查以点位超标率来描述土壤污染状况，给出准确的土壤污染面积的数据有较大困难。
1000万亩+4000万亩污染耕地的数据是怎么来的?
国土资源部副部长、国务院第二次全国土地调查领导小组办公室主任王世元曾透露，环境保护部土壤状况调查结果表明，中重度污染耕地大体在5000万亩左右。在区位上，在整个评价上，国土资源部与之趋同。但是，环境保护部副部长李干杰却表示，此次调查布点太稀了，8公里1个点有问题，相当于说八八六十四平方公里土地都有问题。这不科学……
两位副部长的话看似矛盾，但是基于各自工作的着眼点和方法，却是有其道理的。国土资源部着眼于相对宏观，特别是地质和地球化学的概念更是如此。在特定的地质单元或构造中，公里级别布点能够反映出地球化学性质的连续性。
因此，全国土壤污染调查从宏观上完成了任务。土壤点位超标率使得中央领导到一般百姓都从“七五”以来土壤污染恶化趋势中认识到了土壤污染治理的迫切性和土壤环境保护的重要性。
土壤背景值和土壤污染调查
然而，按照当初设想，摸清底数，就是要在“七五”期间第一次全国土壤背景值调查的基础上，组织开展土壤污染状况详查工作，全面会诊土壤污染现状，尽快摸清土壤污染家底，为进一步制订好土壤污染防治规划计划和污染治理修复提供科学依据。显然，此次全国土壤污染调查并未达到摸清底数的目的。
背景值指在各区域正常地质地理条件和地球化学条件下元素在各类自然体(岩石、风化产物、土壤、沉积物、天然水、近地大气等)中的正常含量。在环境科学领域中，土壤背景值是指尚未受或少受污染和破坏的土壤中元素的含量。因此，土壤背景值调查属于地球化学性质的宏观调查，美国以80公里×80公里布点背景值调查，英国以5公里为间隔采集样品。
相反，土壤污染特别是人为污染通常发生在较为微观的尺度上，除了非均质性，相隔8公里的两点在污染上的关联性极小或很小，以这样的点连线画出等浓度线来计算超标面积是缺乏科学依据的。
没有摸清底数的根本原因
第二次全国土壤污染状况调查没有从环保工作的性质入手，而是沿用了国土地质部门的宏观调查方法。土壤是指陆地地表具有肥力并能生长植物的疏松表层。土壤的管理涉及环保、国土、农业多个部门，各部门因工作目标不同，各有各的方法学和侧重点。除了背景值等宏观目的外，环保工作更需要微观的摸清底数，以便指导后续的污染治理和保护措施。
“十三五”规划纲要把开展土壤污染加密调查作为另一项环境保护重点工程。但是，在目前宏观尺度上的“适度加密”，数倍或数十倍地增加成本得到的可能是另一套宏观变化情况。早在1927年美国就认识到，土壤独立于地质，其研究应该有别于地质学。
适度加密调查的结果
2015年6月，中国地质调查局发布《中国耕地地球化学调查报告(2015年)》。且不说报告把15年的污染数据放在一张图或者一个时间来解释是否正确，其1公里×1公里的网格布点，也主要满足我国土地资源的宏观规划。调查相关负责人在解读报告时还表示，在评价程度上，未能全面查清土壤重金属来源和生态风险，目前形成的仍属于战略性的调查成果和概略性的初步认识。
在回答如何应对报告提及的耕地污染问题时，这位负责人其实更多谈到了环保部门将要开展的污染详查：首先要精确地划定污染边界，在重点污染地区加大加快调查精度，精确圈定污染的确切范围，使得污染修复工作有的放矢;其次，要查明土壤中重金属来源，要有针对性地实行源头控制与治理，尤其是切断人为污染源;再次，要开展风险评价，实行分区、分类、分级管理，明确哪些污染地块需要治理;最后，根据土地利用类型，确定修复目标值，研制经济实用的修复治理方法技术。
然而，这些后续工作并不是国土地质部门的思路和方法学能够做到的。要查清现状、污染来源、生态健康风险等，需要用微观的思路建立概念模型来指导后期的治理修复和风险管控。
不同于《全国土壤污染状况调查公报》，《中国耕地地球化学调查报告(2015年)》给出了污染耕地土壤面积的具体数字。而如果环保工作以此为根据，结果是不言而喻的。
农业系统的土壤调查思路
土壤污染详查是否可以借鉴农业土壤调查的方法学?在大尺度上，影响土壤肥力变异的因素主要是气候条件、地形地貌、土壤类型等区域因素。而在中小尺度上，影响因素主要是土壤养分的管理。一些农田土壤氮、磷和钾等养分调查以100米×100米布点。需要注意到，养分管理涉及主动有目的的人工施肥，这同无意识或无目的造成的农田土壤污染还是有区别的。因此，采用农业的100米布点能否摸清污染底数，尚需科学论证。
按照《农田土壤环境质量标准》(征求意见稿)，这100米布点的数据仍需要同“体检标准”对比后，还要进一步开展调查评估，才能算摸清家底来设计可能的管控或修复。
2013年1月，国务院办公厅《近期土壤环境保护和综合治理工作安排》指出，到2015年，全面摸清我国土壤环境状况并建立例行监测制度。