随着社会发展和时代进步，国家对企业的环境标准也在逐步提高。推行环境污染第三方治理，有利于减少公共财政专项投入，降低行政成本，切实促进环境质量改善。第三方治理已是大势所趋。当前，急需加强对第三方治理的监管。
企业一旦发生环境违法行为，如果仅仅处罚第三方，那么第三方有可能是替企业做了替罪羊。因为治污名义上是第三方在运行，但实际上还是企业运作。如果还是出现问题就处罚企业，那就很难推动第三方治理。企业委托第三方治理，又要被动接受处罚，很可能会导致这种制度无法推行。
对此，要客观分析责任，如果是企业原因导致，如排放的原水浓度和水量超过原来的标准，或者企业出于其他原因造成，那么应该由企业承担相应责任。如果是由第三方故意造成的违法行为，与企业无关，那么必须由第三方承担责任。有关部门应根据其合同来判断，并且在法律上予以明确。
第三方治理是一个新生事物。为使第三方治理健康、有序发展，国家层面上，应尽早出台相关法律法规，填补法律空白，使得环保部门有法可依、执法必严。在国家层面尚未出台相关政策之时，地方政府有关部门也要尽早修改相关制度，切实、有效地对环保第三方治理公司进行监管。
第三方治理公司众多，存在着鱼目混珠、良莠不齐的现象，有些公司在环保设施运行时弄虚作假，甚至在环保设备在线监控上也有作弊行为，造成环境严重污染。其被环保部门查处后，也对企业的生产经营造成严重影响。为此，应将处理与第三方公司名誉和法人的社会诚信体系挂钩，从多方面来予以约束。
以嘉兴为例，市环保局充分采纳建议，要求“如果违法事实是由排污单位和环保公司共同造成的，两者都要被列入黑名单企业;如果违法事实是由受委托的环保公司单独造成的，只把环保公司列入黑名单企业;被列入黑名单企业的环保公司，将被通报，并延长摘帽时间6个月。”
通常，违法企业戴帽后，需要经过6个月整治才能申请摘帽，第三方治理公司在违法后还要延长6个月才可以申请摘帽，也就是要在一年后才能申请摘帽。这种处罚无疑能给第三方治理公司以极大震慑，起到有效的监管作用。
此外，企业在与环保第三方治理公司签订协议时，必须明确双方责任，并到环保部门备案。环保部门在查处违法事件时，如果遇到疑难问题，可以组织人大代表、政协委员，以及民间环保组织代表共同分析，充分发挥公众参与的作用。